http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=/directory/worldwide/ja/kblight/TK001/0/13.asp より以下のレジストリを編集することで操作できます。（レジストリの編集は自己責任で行ってください）
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
スタートメニューの「スタートアップ」も使えます。
また、ログイン時に起動するアプリケーションは msconfig というアプリケーションで確認できます。